政府部门管企业什么？
1.审批立项：项目建议书、可行性研究报告的审批/核准，以及初步设计和概算的审批；
2.监管资金：财政投资的项目的建设资金使用的监管和决算，包括项目进度、质量、安全等的监督；
3.办理手续：负责投资建设项目审批过程中有关手续办理的工作；
4.综合协调：参与拟订促进政策，制定管理办法并监督实施，协调解决项目审批和建设过程中的有关问题；
5.监督检查：对投资项目履行“一岗双责”的情况进行督促检查；对项目建设中的违法行为进行处罚；对失职渎职等违纪行为进行处理；
6.其他职责：承担市委、市政府及上级业务部门交办的其他工作任务。 （以上内容来源于政府网站）
看了这个解释是不是依然一头雾水？我来给你举个栗子！
某市成立了一个市政工程公司，需要建一个大楼作为办公地点。于是该市政府相关部门就开始运作这个项目，先是由发改委审核是否通过该项目建议书，然后根据发改委的意见形成项目可行性研究报告送至主管部门审批，如果一切顺利的话，那么项目就可以开工建设了。 在整个审批过程中，发改等部门要论证项目是否合理，是否可行，同时还要考虑项目投入与产出，经济效益与社会效益等情况。
在施工过程中，发改委要对资金使用情况进行监督，确保专款专用。等到项目竣工后，要进行审核，看是否符合验收标准，之后才能予以确认。 而工商行政部门的职责在于为企业设立登记申请文件及相关文件的审查和报批，核发营业执照，并对该公司、企业的注册事项进行审核，实行公示制度。
简单来说就是为企业提供“身份证”，确定其法律地位。 综上所诉，企业登记和管理主要靠的是市场机制，而政府投资项目管理更多的是依靠行政手段。